魏国灭亡了燕国后，司马懿为何要对公孙渊的部下进行大规模的屠杀呢？其实，这究其原因主要是因为司马懿在镇压燕国叛乱的过程中，遭遇了公孙渊的强烈抵抗，使得司马懿对其心存恨意。因此，为了消除后患，安定国家局势，司马懿决定对公孙渊的部下进行彻底清剿。
网上有个谣言，说曹魏攻灭公孙渊后，司马懿大肆屠杀，把辽东变成了无人区，为之后鲜卑和高句丽的崛起埋下隐患。这种说法纯属无稽之谈，即使司马懿大开杀戒，屠杀近万，但辽东还有三十万户口，曹魏也没搞强制迁徙政策。不久后曹魏还出兵大败高句丽，即使要为鲜卑高句丽的崛起负责，也不是这次军事行动的问题，因为五胡崛起是整体趋势（鲜卑甚至是其中比较听话的一支）。
魏灭燕之战
至于司马懿在辽东搞的残酷屠杀，个人看法是这应该是曹叡的意思，起码是曹叡默许的，因为事后并没记载有人因为这事上书弹劾司马懿。而这场屠杀主要针对的是公孙渊君臣及家属，目的是要把公孙家势力从辽东连根拔起。原因一方面是征讨辽东的难度实在太高，高到能让曹操放弃，而要是聚集大军征讨失败后果又很严重。另一方面则是公孙家态度过于嚣张，而且部下忠诚度也相当高，让曹魏放弃了安抚政策。
公孙渊的爷爷公孙度割据后清洗了所有不服自己的对象，之后几度大败周边异族，建立了强权统治，设坛立庙僭越仪礼，甚至不把朝廷的封赏当回事。曹操封公孙度为永宁乡侯，公孙度居然大怒，认为自己是辽东之王，转头就把永宁乡侯的印绶甩在一边。公孙渊更是侵夺了曹魏所认可的车骑将军、辽东太守公孙恭上的位，而曹魏也进行了事后认可，所以辽东早就养成了不鸟曹魏的习惯，认为不管自己做什么曹魏都只能认了。
公孙度
公孙渊上位后反复横跳，先和孙权往来，挨了曹魏的骂，之后杀了孙权的使者，又得到曹魏封赏。而曹魏派使者去辽东后，受到了十分恶劣的对待，这已经足够激怒曹叡了。曹魏有一些从辽东逃回中原的人士，了解公孙家建立的霸权情况。而且公孙家统治辽东五十年，年轻官员都是公孙度僭越后成长起来的，对中原王朝的认可已经没那么高。
曹叡
而促使曹叡或者说曹魏君臣下定决心的，应该是毌丘俭征讨辽东后，公孙渊部下送来的奏表。这份两千字的奏表是以公孙渊麾下文武官员七百八十九人的名义一同呈上的，内容可谓全程高能，我这里节选其中一部分翻译下：
我们受公孙家祖孙三代的大恩大德才能飞黄腾达，要对公孙家感恩戴德，肝脑涂地。
公孙度来到我们这个破地方后，“开日月之光，建神武之略”（这两句是人臣能用的词？），如果没有公孙度，辽东早就成了废墟，我们只能去当蛮夷了。
公孙度和公孙康“降身委质，卑己事魏”（投靠曹操是自降身份），不是因为害怕你们是大国，而是因为仰慕曹操的德行。
辽东世世代代归公孙家所有，这是你爷爷曹操说的。
孙权对我们那么好，公孙渊却为了保持对曹魏的忠诚杀了他们的使者，这份情义感天动地。
曹魏该打的是蛮夷和不顺从的人，怎么能打我们这种遵从道义的国家？
公孙渊一直恪守本分，还受了这种冤屈，就算他真的有罪，也该多加宽恕，如果他不悔改，看在往日功劳的份上也该从长计议。
你们不闻不问跑来打我们，我们为了保命只好打败你们。
公孙渊受了委屈后想要辞官归隐山林，而我们发誓要为他效死，不让他离去，将士和蛮夷同心协力破门而来，附近的农民自发赶来组建军队。
公孙渊让他们不得进犯曹魏，他们却不肯听从，一饭之恩都要以死相报，何况公孙家几代人都对辽东有大恩。
从曹丕到曹叡，你们两代人都对公孙家十分尊宠，这些是有文字记录和口实的，怎么能出尔反尔？
现在吴蜀都称帝了，曹魏还没完成统一，公孙渊在辽东地势险要，国富兵强，明明可以横行一方，却委派人质到曹魏（其实不是公孙渊派的），保持本分。
你们还不一定能摆平吴蜀，却跑来整公孙渊，是欺软怕硬，我们都觉得这很丢人。如果没有上天主持公道，你们也不一定打得下我们郡，如果有上天主持公道，那我们还怕什么！
我们听说给人当下属的，两代就要当作主人，三代就要当作君主。我们生在蛮荒之地，和曹魏没什么恩情，世世代代属于公孙家，一定要为公孙家效死。
如果我们这些愚民说的话得罪到你了，那我们罪该万死，希望你能发扬怀柔抚慰的政策，原谅我们的控诉，让我们这些疏远的臣民能够得到保全。
不知道大家读完后的感受是什么，反正我觉得曹魏君臣应该很难淡定地看完这份挑衅的奏疏，整篇文章传递出一种“我们只认公孙家。曹魏谁啊？真不熟”的意思。当然这肯定是公孙渊命令部下上的奏疏，所以曹魏君臣应该会让司马懿去探查辽东人情，看他们是否对公孙家如此死心塌地，而从史料记载和司马懿事后的行为来看，可能公孙渊麾下确实找不出几个叛徒或者心归曹魏的人来。
公孙渊
按照三国志的记载，司马懿在破城后斩杀公孙渊麾下相国以下首级以千数。
晋书则记载司马懿杀死男子十五岁以上七千余人，公孙渊麾下公卿和将军两千多人全部被杀死。
这样一对照明显可以看出司马懿对公孙渊的部下实行“零容忍”的政策，抓一个杀一个。而那七千人里，应该也有很大一部分是公孙渊麾下的官员子弟，很明显曹魏就是要把公孙家几代人的影响力从辽东驱散干净。
司马懿
无论是曹操还是后来的司马昭父子，在灭亡势力时也没说只要在对方手下当过官的人就要全部杀掉。曹叡并非暴虐之人（他甚至想要原谅当人质的公孙晃父子），可能在曹魏君臣看来，公孙渊君臣确实有点特殊。