在《凌烟阁二十四功臣》中，秦琼作为名气最大的一位，却常常被排在最后一位，这引起了许多人的疑惑。秦琼以其过人的勇武和智谋，成为了唐朝历史上备受瞩目的一位将领。他在战场上屡立战功，被誉为“四大名将”之一，具有极高的声望和威望。然而，他却始终谦逊低调，不喜显露于人前，这或许正是他在排名上被放在末位的原因。
贞观十七年（643）二月戊申（二十八日），唐太宗李世民下令在凌烟阁给二十四名功臣画像，这就是著名的“凌烟阁二十四功臣”。
此时的唐太宗李世民已然四十岁，唐朝已然屹立世界之巅。为怀念当初一同打天下的诸位功臣，他便叫来大画家阎立本，让他绘制了二十四幅功臣画像，并将其挂在凌烟阁表达纪念。
关于凌烟阁二十四功臣的排序问题，民间也一直是众说纷纭。有的按官职品阶来排，有的说按照李世民的喜好器重程度来排。
其实，凌烟阁二十四功臣并非按照功劳大小或者喜好排名，而是在贞观十七年，唐太宗选出二十四个功臣后，按照最高官职排名。贞观十七年已经去世的人，此时已经获得赠官，因而排在前面。
按照古代的惯例，皇帝会在大臣死后对其进行追封，而追封的官职往往品级很高。这样一来，去世的大臣官职一般就会比在世得更高，在凌烟阁排列时，已经去世的便会位居前列。
李世民“图功臣像于凌烟阁诏”的原文保存了下来，收录在《全唐文》第七卷中，该诏书明确列出的二十四功臣的排序如下：
第1位：长孙无忌，李世民的大舅子，在大唐建立之前的战争中，功劳并不突出，后来，主要参与并策划了玄武门之变。
第2位：李孝恭，是李世民未出三服的兄弟，没有参与玄武门之变，得到了李世民的猜忌，但是，碍于李孝恭的赫赫战功和他在李氏家族中的威望，李世民还是把他列入了第二位功臣；
第3位：杜如晦，参与策划了玄武门之变，与房玄龄有“房谋杜断”之称；
第4位：魏征，本属太子李建成集团，玄武门之变后，归服了李世民；
第5位：房玄龄，能谋善断，参与并策划了玄武门之变；
第6位：高士廉，与长孙无忌、侯君集等人日夜劝谏李世民，诛杀李建成与李元吉，并在刺杀之前释放在押犯，发给他们武器，配合李世民发动玄武门之变；
第7位：尉迟敬德，此人是李世民的铁杆粉丝，早期勇冠三军，屡立战功；后期，参与了玄武门之变，并杀死了李元吉；
第8位：李靖，南平萧铣和辅公祏，北灭东突厥，西破吐谷浑，为大唐的建立及发展立下不朽功勋，在玄武门之变前与李世民通过气，但是，没有反对李世民，也没有参与玄武门之变；
第9位：萧瑀，在玄武门之变前与李世民通过气，但是，没有反对李世民，也没有参与玄武门之变；
第10位：段志玄，李建成一直想谋害李世民，不惜重金贿赂段志玄，企图收买他，段志玄坚辞不受，并告知李世民，后来参与了玄武门之变；
第11位：刘弘基，没有直接参与玄武门之变，但是，开唐有功，是李世民幕府中重要成员之一；
第12位：屈突通，参与了玄武门之变，并随后，按照李世民的旨意赶往洛阳，防止洛阳发生动乱；
第13位：殷开山，没有直接参与玄武门之变，但是，开唐有功，是李世民幕府中重要成员之一；
第14位：柴绍，李渊的闺女女婿，与李世民走得比较近，但是，没有参与玄武门之变；
第15位：长孙顺德，参与了玄武门之变，与秦叔宝等人追击李建成余党；
第16位：张亮，在洛阳执行收买豪杰任务，为发动玄武门之变做准备；
第17位：侯君集，早年跟随李世民南征北战，后来，与尉迟恭一起劝谏李世民早下决心，与李建成做个了断，在玄武门之变中，侯君集率领士兵控制了唐高祖和其余文武大臣；
第18位：张公谨，在徐世勣等人的推荐下成为李世民府中的幕僚，玄武门之变中，张公谨勇力过人，独自关闭大门，将李建成的军队挡在了门外；
第19位：程咬金，开唐有功，参与了玄武门之变；
第20位：虞世南，与欧阳询、褚遂良合称“初唐三大家”，没有直接参与玄武门之变，是李世民幕府中重要成员之一；
第21位：刘政会，没有直接参与玄武门之变，是李世民幕府中重要成员之一；
第22位：唐俭，没有直接参与玄武门之变，但是，在贞观三年，奉命说降突厥，曾配合李靖生擒颉利可汗；
第23位：李勣，也就是徐世勣，又称徐懋功，是唐朝开疆拓土的主要人物之一，在玄武门之变前与李世民通过气，但是，没有反对李世民，也没有参与玄武门之变；
第24位：秦叔宝，曾跟随李世民南征北战，为大唐的建立和发展立下了不朽功勋。
很多人说秦叔宝排名倒数第一，是因为未参加玄武门之变，在李世民的一众心腹中属实靠边站了，且秦叔宝死后封秦叔宝的赠官徐州都督、胡国公也不过三品之职。至于他有没有参与玄武门之变，众说纷纭，但《旧唐书》中明确记载秦叔宝参与了这次政变，不过，其他史籍中没有明确记载此事。
而实际上，秦叔宝排名垫底，与他去世早也有很大关系。唐太宗建凌烟阁画像时，秦琼已去世5年了，也可以从另一方面看出，其为唐朝做贡献的时间并不长久。